工程中心依托海装风电组建，实行管理委员会领导下的主任负责制，接受学术委员会的技术指导和咨询。建立健全岗位职责、任职标准、计划管理、奖惩激励、专业培训、财务管理等内部控制规范，以及对外交流、项目合作、公共服务、自主经营等管理制度。形成了由高层决策、中层管理到基层执行及其业务单元之间相互合作协调的内部管理体系。
工程中心主要职责：（1）开展海上风电关键核心技术研究及工程应用技术研究，承担并完成国家、地方政府下达的海上风电科研计划项目，提升自主研发能力水平，打造国内领先、国际先进的风电技术研发平台；（2）推进海上风电技术成果中试、转化及产业化应用，发挥行业辐射带动作用；（3）参与制定国家、行业海上风电技术标准，为国家行业制定海上风电发展战略、规划和政策提供建设性意见；（4）加强国内外风电领域交流合作，为行业提供公共技术服务；（5）培养凝聚海上风电专业人才，打造我国海上风电人才高地；（6）推进依托单位及其供应链配套单位产品研发和持续技术改进，保障依托单位优先有偿使用科研技术成果；（7）开展对外经营，满足市场发展需求，提高经济创收和自我发展能力水平。
在制度建设方面，工程中心有针对性出台了科技人才、项目管理、知识产权、档案管理、设备管理、考核奖惩以及人员工资、经费预算和财务独立核算等10多项管理制度，适应了现阶段发展需求。